В годы Гражданской войны все имеющиеся суда вошли в красногвардейскую Байкальскую флотилию. На носовую часть ледокола «Байкал» установили 6-дюймовую пушку и отправили совместно с рейдово-маневренным пароходом «Кругобайкалец» курсировать вдоль линии железной дороги. Последний свой бой паром-ледокол принял на рейде у ст. Мысовой. 16 августа 1918 г. он был расстрелян из пушек белочехами с захваченного ими почтово-пассажирского колесного парохода «Феодосий», который буксировал баржи с установленными на них пушками. Пароход «Феодосий» был захвачен чехами в Лиственничном. Он стоял в ремонте с разобранной машиной. Чехи заставили собрать и вооружить «Феодосий». Отремонтированный пароход взял под борт две баржи с установленными на них орудиями и пошел в Мысовую, где у пирса стоял ледокол «Байкал». К станции Мысовой он подходил не со стороны порта Байкал, а со стороны Нижнеангарска, откуда ждали пароход «Лейтенант Малыгин» (после революции – «Шмидт»), за который и было принято подходящее судно. Эта роковая ошибка стала гибельной для ледокола. «Феодосий» с буксируемыми баржами с орудиями приблизился на расстояние пушечного выстрела, прежде чем на «Байкале» спохватились и попытались отойти от пирса и развернуть судно с пушкой на носу к нападавшим. Однако уже после первого залпа один из снарядов попал в керосиновый бак, установленный на спардеке у трубы, и пожар охватил деревянную обшивку. После очередного попадания заклинило рулевое управление, и ледокол превратился в неподвижную мишень для белочехов. На «Байкале» началась паника, вся команда сбежала на пристань, машинная команда открыла кингстоны. Паром затонул по главную палубу, сев на мель, но деревянная палуба с надстройками продолжала выгорать. Вместе с ледоколом сгорела почти вся деревянная пристань. Пароход «Феодосий» еще около двух часов обстреливал станцию и пристань, после чего ушел в Лиственничное. По свидетельству очевидцев, из разбитых иллюминаторов «Байкала» валил густой дым, и судно горело ярким пламенем. На ледоколе находилось 12 вагонов с продовольствием и военным снаряжением, 64 бочки смазочных и горючих материалов, вторая палуба была заполнена огромным запасом каменного угля (60 тыс. пудов), на носу судна лежали снаряды и гранаты. В воспоминаниях красногвардейца А.А. Авдеева последние часы жизни ледокола были такими: «Сухой, как порох, горит пароход, рвутся оставшиеся на носу снаряды и гранаты, как сухие орехи, лопаются патроны, еще более усиливая силу огня. Самопроизвольно гудит гудок, напоминая рев лесного зверя. По коже пробегает мороз от этого жуткого зрелища». «Байкал» долго выгорал, продолжалось это несколько дней, после чего выгоревший дотла остов остался в полузатопленном состоянии на мели. Механик ледокола С. Солонцев вспоминает: «Команда спаслась кто как мог, а ледокол горел несколько дней и затонул недалеко от пристани». До октября 1918 г. его остов находился на мелководье вблизи берега. Железный остов обгоревшего ледокола был отбуксирован «Ангарой» в порт Байкал, где он простоял до 1928 г. Затем его разрезали автогеном на куски и отправили на уральские заводы на переплавку. По другому рассказу, долгие годы, вплоть до начала Великой Отечественной войны, останки 100-метрового гиганта возвышались над уровнем воды на отмели у ст. Мысовой. В дни Сталинградской битвы, когда ощущалась острая нужда в металле, выступающие из воды металлические конструкции ледокола разрезали автогеном и отправили на переплавку. А нижний остов корпуса «Байкала» до сих пор покоится на дне озера. Упоминание о том, что флагман байкальского флота находится на дне, можно встретить в книге краеведа, директора музея г. Бабушкина А.М. Шеиной «История города Мысовска»: «Есть сведения, что еще до войны велись работы по подъему ледокола, но был ли он поднят или до сих пор покоится на дне Байкала – неизвестно». Противоречия в рассказах о судьбе парома-ледокола «Байкал» удалось разрешить лишь недавно. В коллекции иркутского антиквара С.А. Снарского обнаружилась любительская старинная фотография выгоревшего дотла флагмана байкальского флота, на которой отчетливо видно, что остов судна оставался на плаву после пожара, а следовательно, не затонул напротив ст. Мысовой, как об этом писали раньше местные краеведы. Корпус судна был выполнен из кованой сименс-мартеновской стали, собранный из стальных двадцатимиллиметровых листов, он имел двойную обшивку, поэтому остался цел и невредим после пожара. В трюме ледокола имелись водонепроницаемые переборки, которые обеспечивали плавучесть судна на случай получения пробоин.